某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把变爸爸野原广志　　和妈妈野原美伢回了小孩子模样，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲，就这样大家踏上了寻找之旅……

　　某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。　　唯一能够阻止

自从击退了艾尔莎等人的袭击，并在和大兔的战斗中与碧翠丝签订契约，从而解放了“圣域”后，已经过了一年。

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